日本深海探测队在马里亚纳海沟发现了一艘从未记载的巨型潜艇“伊400改”。

潜艇保存完好，但九十九名船员全部失踪，只有发报室里的一个老式发报器仍在自动运行，重复发送一串神秘数字。

退役潜艇兵出身的海洋工程师高野受命带队下潜调查。

在潜艇内部，他们发现了一个完整的城市模型——东京，精确到每一棵树。

更诡异的是，数字经过破译后，是一份“未来东京”的轰炸目标清单。

高野逐渐发现，这艘潜艇来自1945年，搭载着一个可以预知未来的“人脑计算机”。