第二季紧接第一季结局，雪村千鹤为了救土方岁三而饮下变若水，成为半人半鬼的存在。

幕府势力崩溃，新选组被迫流亡至虾夷地（北海道），建立箱馆政权。

在明治新政府的围剿下，土方岁三带着仅存的队员和千鹤进行最后的抵抗。

这一季中，每个鬼族队员都在面临人性与鬼性的撕扯，逐渐失去理智化为真正的“罗刹”。

千鹤要在拯救爱人和阻止更多悲剧之间做出选择。

最终，土方岁三在箱馆五棱郭之战中迎来悲壮的结局。

千鹤将新选组的历史记录下来，永远流传。